Przy ulicy Batorego 8 we Wrześni znajduje się budynek, który od 1991 roku pełni funkcję placówki szkolnictwa specjalnego. Wcześniej szkoła mieściła się w pawilonie przy Szkole Podstawowej Nr 1.W 1979 roku wielki pedagog, lekarz, pisarz, autor takich powieści jak „Król Maciuś Pierwszy”, czy „Kajtuś Czarodziej”, Janusz Korczak zostaje patronem szkoły. Na początku lat 90 oprócz Szkoły Podstawowej zaczęła funkcjonować też Zasadnicza Szkoła Zawodowa. W 1995 roku szkoła staje się Zespołem Szkół Specjalnych im. Janusza Korczaka. Od 1999 roku w skład zespołu wchodzi Gimnazjum.